L'encomienda (tutela) consisteva nella delega ad un imprenditore dei diritti signorili su un repartimiento (dominio) e sugli indigeni che lo abitavano.
L'encomienda non era che un contratto medievale per il quale il re concedeva degli indios in usufrutto (non in proprietà) e per un tempo limitato al conquistatore, il quale aveva l'onere di organizzare la loro vita, di istruirli e di cristianizzarli.
L'encomienda serviva anche a uno scopo socio-militare: siccome il pagamento "in indios" costituiva parte delle retribuzioni che il conquistatore riceveva dal re per i suoi servizi militari, la corona vedeva in questo rapporto uno strumento per stabilire un controllo sul conquistatore, che era tenuto, in forza appunto dell'encomienda, a determinati doveri nei riguardi del re. La corona inoltre sperava che l'encomendero si sentisse integrato nella società coloniale nascente ed evitasse di abbandonarla dopo averla sfruttata al massimo.
L'encomienda rappresentò il passaggio dalla fase in cui l'indios veniva "negato" come tale, alla fase in cui, dopo averlo riconosciuto come "essere umano", si iniziava ad "assimilarlo", rendendolo accettabile alla cultura europea. La denuncia più famosa contro questo sistema fu lanciata, come noto, dal padre domenicano Bartolomé de Las Casas.