Con questo articolo, l’Assemblea costituente riprese l’art. 67 dello Statuto albertino che affermava: «I ministri sono responsabili. Le leggi e gli atti di Governo non hanno vigore, se non sono muniti della firma di un ministro». Nell’art. 89 ai ministri è affidata la responsabilità degli atti emanati dal Presidente della Repubblica, validi solamente se controfirmati dai «ministri proponenti».
Il secondo comma derivò dalla seguente proposta dell’on. Tommaso Perassi (Gruppo Repubblicano): «[…] quello che sembra opportuno è di indicare certi atti particolarmente importanti del Presidente della Repubblica per i quali sembra consigliabile e necessario costituzionalmente che, oltre la firma del ministro proponente, vi sia anche la controfirma del presidente del Consiglio. […] Ritengo opportuno rilevare che per alcuni atti costituzionali del Presidente della Repubblica […] la controfirma del presidente del Consiglio è costituzionalmente obbligatoria in base al primo comma, in quanto si tratta di atti emanati su proposta del presidente del Consiglio».

La dottrina interpreta l’art. 89 come una norma che regola i rapporti fra il Presidente della Repubblica e il Governo in modo che nessuna delle due istituzioni sia in grado di agire da sola. Circa la controfirma, la dottrina ha elaborato due orientamenti.
Per il primo, la controfirma attesta sempre «l’avvenuta collaborazione e la partecipazione attiva dei ministri alle decisioni» assunte dal Presidente della Repubblica.
Per il secondo, oggi affermatosi come maggioritario, è necessario distinguere tra gli atti presidenziali in senso stretto, per i quali la volontà preminente è sempre quella del Presidente, e gli atti formalmente presidenziali, per i quali la volontà prevalente è quella del Governo.
Secondo la dottrina, quindi, non tutti gli atti presidenziali necessitano della controfirma per essere considerati validi. La Corte costituzionale ha deliberato in materia nel 2006 affermando che la controfirma è obbligatoria quando l’atto è sostanzialmente governativo, mentre ha valore puramente formale quando l’atto riguarda i poteri prerogativi del Presidente della Repubblica.